針對外界質疑，前行政院祕書長林益世，在關鍵錄音檔中，宣稱行政院有兩顆印鑑章，一顆是院長章，另外一顆印鑑章和國庫章，都是他在管，還有權決定人事權，今天行政院，在傍晚舉行記者會，向社會大眾釐清，行政院的公文流程，並出示相關印鑑。

行政院代祕書長 陳士魁：「祕書長只有核轉的權力，他沒有任何核准的權力，那我今天還特別請示了院長，你在這個任職期間，有沒有授權任何人代批人事案件，院長說沒有，所有的人事案件都經過他核批。」

行政院副祕書長 陳慶財：「林前祕書長所提到的國會印章，只是針對我們院本部的預算，院本部的預算，只是我們總預算1萬9千多億裡面，我們的院本部預算才10億6500多萬。」

行政院代祕書長陳士魁強調，祕書長對人事案可以提供意見，但建議權在相關主管機關的部會首長，而決定權在院長，祕書長沒有決定權，只負責將公文轉呈到副院長和院長，陳世魁也表示，今天也將林益世辦公室其他的私人信件、會議資料等文件，送往特偵組調查，而行政院也已經著手清查，過去幾個月來，林益世所處理過的公文目前還未發現異狀。  (2012-07-05)