二次大戰末期，日本處於戰爭的混亂當中，人心惶惶、資源極度匱乏，當時正在東京帝國大學文學部就讀的王育德為避難而返台，回到故鄉一年後、台灣光復，他在台南一中擔任教員。

然而隔年發生了二二八事件，先是兄長 —王育霖被緝捕失蹤，而後在特務混處於學校的不安氣氛下，他的學生又接連被捕。為了不莫名其妙的冤死，他決心逃亡。

1949年7月4日，王育德坐上那班前往香港的飛機，並預定轉往日本逃亡。他怎麼也沒想到，這一離開台灣，竟然就再也沒有回來。當年25歲的他，此後在日本長居36年，直至過世。離開， 才是他與台灣身世緊緊相連的開始。

1950年，王育德返回東大繼續戰前未完的學業，並一路攻讀碩士、博士，後來也常與年輕一輩的留學生相約在家中聚會，談論台灣的命運及出路。1960年，王育德主導、創辦〈台灣青年〉雜誌，名稱取自1920年、蔡培火等人在東京所辦的同名刊物。

〈台灣青年〉，以批判蔣政權、宣揚台獨理念為中心思想，它雖然仍受台灣當局的嚴密監視，但因在海外發行，卻在夾縫中取得了生存的空間，更重要的是，〈台灣青年〉探討國家體制的思想貫穿整個 60年代，它無疑成為當年台灣最重要的海外刊物之一。

在雜誌創刊的前三年，王育德撐起了雜誌運作的所有事務，除了負責每期內容，修改所有留學生的稿件，還得巡訪企業家及商人尋求贊助，以維持每月三十萬日圓的發行費用；而為了了解讀者意見，他也經常親自將滿袋的雜誌送至各地書店、媒體以及台僑人士手中。

1963年以後，〈台灣青年〉的成員除了以刊物宣揚理念，也進一步化理論為具體的行動，不但組織留學生運動、走上街頭，也在1965年改名為「台灣青年獨立聯盟」，發表獨立?綱領、並要求聯合國支持台灣自決。1968年5月，〈台灣青年〉更成為美、歐、加、日等地獨立聯盟之共同機關誌，影響力擴及到日本以外的留學生社群。

王育德之所以堅定地走上台獨之路，受到許多因素的影響。除了他最敬愛的兄長 --王育霖（台灣第一位檢察官）在二二八受難，是他對國民黨統治深惡痛覺的事件之一；他原本對中國僅有的期待，也於謝雪紅在大陸被整肅後而徹底幻滅。

王育德以無國籍的身分在日本流亡十多年，台灣的滄桑加諸於島嶼人們的命運之上，讓他深深感到受壓迫台灣人的悲哀，在投入〈台灣青年〉的同時，他不斷思考台灣的主體性及歷史定位，他對台灣總被視為國際政治棋盤上的一只棋子感到焦慮，尤其在國民黨高唱反攻大陸的年代，與台灣或台灣自覺相關的一切議題均被視為禁忌，台灣人雖然身處台灣，卻對自己一點也不了解。

因此王育德在 1964年完成了〈台灣．苦悶的歷史〉，由日本弘文堂出版，成為長銷書，但它在台灣卻長年被列為禁書，直至2000年才發行中文版。

在王育德推動獨立運動的概念中，語言作為其根本的一環，一直是他畢生關心的治學主題。日本人把語言稱為「言靈」，王育德認為語言是凝聚民族認同感的符號，一旦失去語言，民族也就形同滅亡。而他在東大的學士、碩士、博士論文均以母語 --台灣語為研究對象，此外也在〈台灣青年〉連載「台灣話講座」，為的就是讓台灣人明確意識到自己是台灣人。

由於王育德不滿足於過去西方傳教士所編纂的辭典，也對台語在政治干預下、先後被日語及北京話壓迫而感到痛心，因此他在 1957年的博士修業期間，抱著「鏤刻台灣話墓誌銘」的心情，撰寫了一部包括台語詞彙、語音、語法的〈台灣語常用語彙〉。為了出版這三百本書，王育德當年以75萬日圓、現在何止百倍的價錢賣了房子，和朋友聊到這件事時，他也只是淡淡的說「台灣文化比較重要」。

為台籍日本兵爭取補償是王育德在最後十年戮力最深的事件。 1974年12月26日，在二次大戰期間被日本徵召赴南洋參戰的台灣原住民—李光輝（日本名字--中村輝夫），在印尼摩露泰島的森林中被發現救出後，引發了台籍兵為日本征戰死傷，卻從未得到任何應有補償的爭議。1975年2月，台獨聯盟基於人權立場發起了補償問題思考會，由王育德擔任事務局長，負責發表言論、編輯刊物、募款、尋求朝野支持、以及公審出庭，希望替他們爭取日本的國家賠償。

1985年4月，王育德在一次出差途中突然覺得胸口不舒服，診斷後才得知自己心肌梗塞，當時醫生建議他多休養，但他覺得自己可能不久於人世，反而隨身帶著藥罐、更珍惜利用活著的每一天，依舊教課、並為補償之事奔走。

同年八月，歷經一審、二審上訴失敗的補償官司在高等法院開庭，結果仍維持原判，但庭長在判決的異例附言中卻期待將來能克服困難。王育德難掩失望，隔月即因舊疾復發過世。

1987年9月，原本於法無據的補償問題終於在日本議員的一致贊成下通過，日本政府於1991年底編列560億日圓，發給28000位台籍日本兵每人200萬日圓的弔慰金。然而將生命燃燒至最後一刻的王育德卻來不及看到這樣的結果。

王育德為台灣奮鬥一生，他曾說，台灣不獨立就不回去，結果終其一生都沒再踏上台灣這塊土地。在日本，他總是神采奕奕、受人敬重，但心裡卻有一個不易觸及的角落，是留給鄉愁，不過看到年輕一輩的台獨運動者對台灣事業的承接後繼，他欣喜而了無遺憾。