蘇花改2011年動工以來，就遭遇到許多問題，除了這次引發爭議的，漢本遺址之外，部分路段地質破碎，也增加工程的難度，和中到大清水路段，甚至還一度因為包商倒閉，工程大幅延後。

1600年前原住民住的房屋，層層堆疊的骨骸，還有各種精緻工藝，漢本遺址被中研院史語所，形容為繼十三行之後，最能了解原住民早期文化的遺址，它的出現其實是在意料之外

2015.8.3 中研院歷史語言研究所研究員 劉益昌：「我們看到以後嚇一跳，因為在很深的地層裡面，開始出現內含非常豐富的文化層的堆積。」

遺址越挖越多，區域也越來越大，幫漢本人搬家的工作，也從原本預期的3年繼續展延，學者認為，考古工程充滿不確定，恐怕也不是另找團隊，就能解決的單純問題，交通部同時，恐怕得另外尋求腹案。

師大地理系教授 洪致文：「有時候我們，會需要增加一些經費，或者是說必須要變更一些設計，那可能施工的先後順序，必須要去修改。」

如何在保存文化的同時，也趕快給花蓮人安全回家的路，勢必是個棘手問題，但蘇花改的麻煩事不只這一宗。

14日才貫通的觀音隧道，因為經過地質破碎的，樟樹山斷層，歷經30多次湧水，無數次坍方，換了好幾種工法後才順利貫通。除了觀音隧道地質及漢本遺址挖掘的變數，蘇花改最南段，去年甚至還發生包商倒閉，即使已經重新發包，和中到大清水，恐怕也得延到108年才能通車，不斷出現的問題，都讓蘇花改通車時間充滿變數。  (2015-11-27)