中科三期的環評被最高行政法院撤銷，但因為環保署沒有要求停工，引發環保團體抗議，身為中科三期的目的事業主管機關國科會，上午也表示，不會要求停工，律師認為行政機關公然不尊重法院判決，這已經引發行政、司法的衝突是一種憲政危機。

雖然環評已經被最高行政法院給撤銷，不過中科三期的預定地上，不只早就有蓋好的工廠，還沒完成的廠房也繼續施工，按照環評法的精神，環評沒過不能動工，不過中科三期不受法院判決的影響繼續蓋，因為環保署把停工的責任，交給目的事業主管機關，國科會來決定國科會似乎從善如流。

國科會副主委 陳正宏：「在中科目前的處置上，它是暫時不會停工的，我們中科管理局將全力致力於追求通過，未來環評的審查。」

環保署引用環評法第十四條，認為中科三期儘管環評被撤銷，但終究曾經完成審查程序，所以無法要求停工，有法律學者認為法律本身就有灰色地帶，但環保署似乎沒有，本於環境保護的職掌來解釋法條，也許善用了法律條文為自己解套，卻同時也削弱了自己存在的價值。

成功大學法律系助理教授 王毓正：「對於你的職掌，你的一個職權(不)盡忠職守，或者(不)努力去捍衛你的職掌，然後跑去幫別的不會說話，那我們就看不出來說，這個部分(部會)，為什麼有獨立的必要。」

律師林三加更認為環保署、國科會，不顧最高行政法院判決環評撤銷，讓廠商繼續動工已經引發行政、司法權的衝突，到了憲政危機的層次。

律師 林三加：「那如果說今天行政機關，它不尊重這個司法機關的一個最終的判決的話，那其實整個憲政體制都會出現問題。」

環保署通過的環評被行政法院撤銷，環評被撤銷開發案可以不必停工，都是史上頭一遭，學者和律師認為中科三期的衝突，暴露了環評法，解讀空間過大的問題，有必要全面反省與檢視。  (2010-02-05)